A la excepcional riqueza de Pinilla del Valle se suma un Yacimiento Cuaternario, descubierto en 1979. Las excavaciones realizadas desde entonces y hasta 1989 permitieron encontrar valiosos restos fósiles como dos molares, que se cree que pertenecieron a homínidos, y situarlo como uno de los más ricos de España.
Desde el año 2002 -gracias al apoyo institucional y privado- se desarrolla un proyecto de investigación en el que participan 40 licenciados, la mayoría en Biología, Arqueología y Geología.
La zona de "Los Calveros", en el término municipal de Pinilla del Valle, ha sido declarada Bien de Interés Cultural, en la categoría de Zona Arqueológica y Paleontológica en la Resolución de 14 de septiembre de 2004, por la Dirección General de "Patrimonio Histórico" (publicado en el BOCM del Viernes, 24 de septiembre de 2004).

Las investigaciones están permitiendo conocer más de nuestros antepasados. El Yacimiento no está abierto al público y sólo se puede visitar acompañado por alguno de los investigadores que trabajan allí.
Gracias a los restos encontrados, el Yacimiento de Pinilla es uno de los más ricos de España. Desde hace más de 100.000 años, mamíferos y peces habitan el Valle Alto del Lozoya junto con el Hombre, del que se han recuperado dos molares y utensilios óseos y líticos. Además, el hecho de que algunos restos presenten quemaduras y golpes reflejan que el ser humano ya manejaba el fuego y utilizaba herramientas en sus cacerías.

Entre los micromamíferos se han documentado varios grupos de roedores entre los que destacan topillos (familia arvicolidae), ratón de campo (familia muridae), lirón careto (familia gliridae), puerco espín (familia hystricidae) y castor (familia castoridae). También, grupos de insectívoros como topos (gen. talpa), erizos (gen. erinaceus) y musarañas (gen. sores y crocidura), además de conejos, liebres y murciélagos.
En cuanto a los macromamíferos se han hallado cinco familias: jabalíes (sus crofa, toros salvajes (bos primigenius), gamos (dama clactoniana), ciervos (cervus elaphus), corzos (capreolus cf. capreolus), caballos (equus caballus) y rinocerontes (dicerorhinus hemitoechus). También se han encontrado restos pertenecientes carnívoros: leones o tigres (pantera sp.), gatos montés (felis sylvestris), hienas de las cavernas arcaica (crocuta spelaea intermedia), osos pardo arcaico (ursus prearctos), lobos (canis lupus), zorros (vulpes vulpes) y comadrejas (mustela sp..).

Los peces, anfibios y reptiles también están representados con los salmónidos, el sapo común (bufo bufo) y corredor (bufo calamita), varios tipos de ranas, culebras, tortugas, lagartos y lagartijas.
El proyecto de investigación codirigido por Enrique Baquedano, José María Bermúdez de Castro y Alfredo Pérez González- comenzó en 2002. En la campaña de ese año, los trabajos realizados plantearon la hipótesis de que sobre los afloramientos carbonatados cretácicos en el que se sitúa el Yacimiento se podría haber desarrollado un sistema cárstico, colmatado en la actualidad, entre cuyos depósitos se hubieran preservado vestigios culturales de asentamientos humanos durante el Pleistoceno.

La campaña de 2003 permitió confirmar esta hipótesis y encontrar los yacimientos de Navalmaíllo y de la Cueva de la Buena Pinta. Éstos tienen una antigüedad de entre 90.000 y 140.000 años y se sitúan a pocos metros del hallado en 1979 y conocido como Sector Camino.
La campaña de 2004 ha permitido ampliar Navalmaíllo -confirmando que este yacimiento es muy grande, aproximadamente 200 metros cuadrados- y averiguar que los Neandertales lo habitaban en gran número y casi en exclusiva. Durante este año también se ha ampliado, en menor medida, la Cueva de la Buena Pinta y las excavaciones han posibilitado constatar la presencia de Neandertales y de hienas.